1- Poser le problème biologique : on part de faits observés sur le réel, sur des documents, ou des conclusions d'une expérimentation précédente pour se poser un problème, sous la forme d'une question portant sur un mécanisme, un fonctionnement. (Comment...?)

2- Formuler une ou plusieurs hypothèses : ce sont des tentatives d'explication, des réponses possibles au problème posé, posées sous la forme d'affirmations, mais nous ne savons pas encore si ces réponses sont exactes ou fausses.

3 - Les expériences ou protocole expérimental

Pour l'hypothèse que l'on veut éprouver :

• Enoncer une ou plusieurs conséquences vérifiables de l'hypothèse sous la forme suivante "si l'hypothèse est vérifiée, on doit pouvoir démontrer que...".
• Se demander si ces conséquences peuvent être mesurées et comment.
• Concevoir et présenter (en général sous forme d'un schéma) un protocole, de telle sorte que :
  • Des témoins soient prévus : ce sont des manipulations de référence représentant les conditions normales ou des conditions dans lesquelles les résultats sont connus par avance.
  • Une seule condition expérimentale (par ex. la température, ...) varie par manipulation par rapport à son témoin, afin que l'on puisse rattacher les éventuels phénomènes observés à cette variation.
  • Les conditions de l'expérience soient précisément fixées, afin qu'elle soit reproductible et donc incontestable sur son principe.

Eprouver ainsi successivement les autres hypothèses envisagées.

4 - Les résultats : ce sont les observations que l'on fait pendant ou à la fin de l'expérience, mais ce n'est pas encore la réponse à la question posée...

• On fait leur description (ou analyse)
• On en tire leur signification (ou interprétation) en se servant des savoirs antérieurs et par comparaison avec les témoins (j'observe que... or je sais que... donc j'en déduis que...).

5 - La conclusion : l'interprétation des résultats est confrontée à l'hypothèse posée au départ, ce qui permet de vérifier si celle-ci est exacte ou fausse, et donc de répondre au problème ou non... Dans le cas où elle est fausse, il faut en choisir une autre et recommencer...

Dans le cas où l'hypothèse est vérifiée, elle est considérée comme une vérité scientifique... c'est à dire une vérité temporaire, qui sera précisée, et peut être même contredite par des faits nouveaux !